审计署６月７日发布的长江三峡工程竣工财务决算草案审计结果显示，三峡工程由于施工难度大、建设周期长、移民搬迁安置任务重，以及建设初期相关法规制度不健全等，工程建设和资金管理中存在五方面问题。

根据全国人大财经委员会关于三峡工程竣工验收相关要求和国务院部署，审计署于２０１１年６月至２０１２年２月对长江三峡工程竣工财务决算草案进行了审计。

审计结果表明，三峡工程投资控制有效，静态投资控制在批复概算内，实际投资完成额控制在测算的动态投资范围内，工程建设和资金管理总体规范，竣工财务决算草案基本真实合规。

但审计也发现，三峡工程建设管理不到位，导致增加投资８．０８亿元；移民资金被挤占挪用等涉及金额２．７９亿元，主要用于非移民迁建项目、弥补行政管理费等支出；一些中小项目的设计、施工、监理合同管理不够规范，涉及金额４１．３亿元；部分移民管理机构和迁建单位移民资金决算编制和账务处理不合规，涉及金额１７．２１亿元；部分移民派生资金征收不到位、管理使用不规范，涉及金额８．５５亿元。截至２０１２年１１月底，审计发现的问题已全部整改。